Najcenniejszym zabytkiem klasy zerowej Duninowa jest kościół, który kiedyś pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny, św. Jana Ewangelisty i św. Małgorzaty, poświęcono 25 czerwca 1374 roku. Zbudowany na fundamentach z polnych kamieni w stylu gotyckim, jednonawowy z zasklepionym prezbiterium, później wielokrotnie przebudowywany. Wieża zachodnia zakończona jest barokowym hełmem. W roku 1721 na wieży został zamontowany zegar, który wykonał Peter Schwolow z Pęplina, a w 1750 zainstalowano ciekawą latarenkę. Z powodu niebezpiecznego pęknięcia wieżę przebudowano w 1753 roku.
W latach 1875-1877 kościół rozbudowano podwyższając znacznie jego ściany, wymieniono strop i dach, wstawiono gotycki dzwon spiżowy. W latach dwudziestych XX wieku wykończono główny i boczny ołtarz. W roku 1936 hełm wieży pokryto blachą miedzianą. Na początku marca 1945 r., w czasie walk pocisk radzieckiego czołgu uszkodził wieżę. We wnętrzu kościoła widać witraże ufundowane przez rody de Croy i Below. Wyposażenie świątyni stanowi barokowa ambona z końca XVII w. wspierająca się na głowie anioła oraz trzynastogłosowe organy wyprodukowane przez miejscowy zakład w lipcu 1878 roku. Wcześniej kościół posiadał małe organy podarowane jesienią 1731 roku przez wdowę po Jakobie van Below, które były prawdopodobnie dziełem organomistrza Bartscha z Darłowa. Jak podaje w "kronice" Schreiber w 1917 r. z organów wymontowano metalowe piszczałki, które w sumie ważyły 34 kilogramy. Jesienią 1937 r. firma z Frankfurtu nad Odrą zamontowała w nich "motor wiatrowy". Ponownie organy wyremontowano w roku 1947 dostawiając około 150 piszczałek. Renowacji dokonał fachowiec z nieistniejącej już wówczas pracowni Volknera.
Podczas ostatniej konserwacji tego instrumentu w 1982 r. za ostatnim rzędem piszczałek znaleziono cenne trzy księgi: rachunki duninowskiej szkoły i dwa tomy kroniki szkolnej, które w kościele ukrył ostatni niemiecki pastor Hans Schreiber, opuszczając Duninowo 17 stycznia 1946 roku.
W przedsionku świątyni znajduje się, wspomniana wcześniej, płyta nagrobkowa ostatniego z rodu Krummelów, a nad nią drewniane kartusze z dwoma herbami i skrzyżowane kopie rycerskie.
Przy północnej ścianie kościoła znajduje się grobowiec Frankensteinów, a po stronie południowej obelisk upamiętniający poległych w I wojnie światowej oraz grób księdza Józefa Czerkiesa, pierwszego powojennego proboszcza tej parafii. Wokół kościoła znajduje się stary drzewostan z licznymi pomnikami przyrody (lipy, kasztanowce, klony, jesiony i dąb, który posadzono 22 marca 1872 roku, w obecności uczniów z Duninowa, Pęplina, Lędowa i Modła w urodziny cesarza - był to dąb pokoju).
Po zakończeniu II wojny światowej 15 sierpnia 1945 r. kościół w Duninowie zostaje przejęty przez katolików i stanowił filię parafii w Ustce. Obecną parafię pod wezwaniem Matki Bożej Częstochowskiej erygowano 8 grudnia 1958 roku, do której również należy kościół w Możdżanowie p.w. św. Bartłomieja oraz kościół w Zaleskich p.w. św. Stanisława Bpa i Męczennika.